Sjedište ove župe spominje se od najstarijih vremena kao “Villa Episcopi”, jer su zagrebački biskupi od davnina ovdje imali svoj posjed. U buli Andrije II. kralja ugarskog iz 1209. kojom je mjesto Villa (Varaždin) radi vjernih usluga njemu učinjenih kad je bio zatvoren u kuli Kenne u Knegincu, proglasio slobodnim kraljevskim gradom i darovao mu veliki posjed “Villa Episcopi”. U nabrajanju međa s kojima graniči darovani posjed spominje se: “…potok Blizna i po tom na jug do neke uvale… i ide do velike ceste, koja vodi u Thoplick… medjaši sa Topličkim zemljama… zatim po cesti dolazi do dva drva Szilffa zvana i proteže se do brijega Techeze, proteže se na zapad do ceste i prolazeći tim putem do sjevera preko zidanog mosta i dvije mlake. Prema ovom privilegiju Andrije II. danom gradu Varaždinu slijedi da je već tada postojala “Villa Episcopi”, današnji Biškupec. Prema spisu “Eulesia beate virginis” arhiđakona Ivana ovdje su svoj posjed imali i luciferi templari i to u današnjim selima Kučanu donjem, Kučanu gornjem, mali posjed na Varaždin bregu, a opat im je stanovao pod Belom. Iz tih se spisa može vidjeti da su gospoda imali svoje posjede na području današnje župe.
O nastanku župe nema točnih podataka, no postojala je već od najstarijih vremena, dapače po nekim okolnostima moglo bi se tvrditi, da je postojala pi prije župe varaždinske. Villa Episcopi se 1501. u listinama grada Varaždina naziva Byskupecz – “Gregorius plebanus eulesie beate virginis in Byskupecz”.
Po tužbama iz 1815. godine te nekoliko kasnijih godina, gradski fiseus Ignac Vespazian vodi parnicu protiv župnika biskupečkoga Pavla Mravinca zbog zemljišta zvanog Brezje što ga posjeduje crkva. Tužbu je kao i Matija Koller temeljio na odluci kraljevstva od 15. IV 1760. prema kojoj mogu oslobođeni kraljevski gradovi uz naplatu dobiti natrag. Matija je tužbu temeljio i na zakonu iz 1647. po kojoj je zabranjeno crkvenjacima i crkvama posjedovati zemaljska dobra, osim zaklada dodjeljenih privolom kralja.
Tijekom tih parnica iznešena su neka mišljenja po kojima se može donekle spoznati starost župe i njezina povijest:
1. Crkva u Biškupcu posjeduje svoja zemljišta, te ih je dobila prije 1498. dok još nijesu bili vidani zakoni, a darovao ih gradjanin varaždinski koji prema diplomi Andrije II mogao raspolagati svojom imovinom. Te zemlje nalaze se u skopu zemalja što ih dobio grad Varaždin. Ove su zemlje dane, ne župniku kao njegov posjed, već posjed crkve. To je učinio gradjanin varazdinski tim više što su varaždinci crkvu u Biškupcu radi njezina položaja i neposredne blizine smatrali je domaćom crkvom, gradskom, a ne selskom, a radi čudesne slike njezine, posebnu djedovsku nezapamćenu pobožnost gojili napram Majci Božjoj u Biškupcu, te svake godine hodočastili dvaput i to početkom svibnja i koncem listopada.
2. Andrija II u svojoj povelji nigdje ne spominje župe Varaždinske. Iz toga slijedi da Varaždin prije nego je bio proglašen gradom nije imao svoje župe. Iza proglašenja slobodnim i kraljevskim gradom nastojao je da si osnuje župu koja se spominje 1334. Drži se da je “Villa” Varaždin prije proglašenja slobodnim i kraljevskim gradom pripadao župi Biškupec, tada “Villa Episcopi”. Biskupi su tada osnovali župe na svojim posjedima. Kada bi župa Varaždinska bila starija od biškupečke, nebi bilo racionalno osnovati novu župu u tako neznatnoj udaljenosti od jedva 2 klm. dok sela Sračinec i Svibeovec koja spadaju u župu Varaždin, a udaljena su 6-7 klm. nemaju svoje župe, a kojima bi i te kako bila potrebna.
POPIS POZNATIH ŽUPNIKA KOJI SU DJELOVALI NA ŽUPI BIŠKUPEC:
| 1501. – . | Gregorius plebanus beate Marie Virginis (spisi grada Varaždina) | ||||
| 1668. – 1679. | Ivan Kocijan | 1678. – 1686. | Luka Marinković | 1686. – 1707. | Andrija Kuharić |
| 1707. – 1709. | Ivan Batinić | 1709. – 1710. | Juraj Ivan Grekrit | 1716. – 1718. | Ivan Kokotović |
| 1718. – 1735. | Matija Kovačić | 1735. – 1753. | Pavao Jurak | 1753. – 1779. | Nikola Shegely |
| 1779. – 1781. | Ludovik Bedeković | 1781. – 1788. | Juraj Starešec | 1789. – 1809. | Stjepan Šiprak |
| 1809. – 1811. | Ivan Dutković | 1812. – 1835. | Pavao Mravinac | 1835. – 1848. | Makso Mihalić |
| 1849. – 1852. | Makso Mrak | 1853. – 1863. | Blaž Svelić | 1863. – 1865. | Josip Berutta |
| 1865. – 1866. | Ivan Radočaj | 1866. – 1881. | Eduard Rineš | 1881. – 1911. | Tomo Fučkan |
| 1911. – 1945. | Tomislav Štefanac | 1945. – 1945. | Josip Kalajdžić | 1945. – 1980. | Antun Igrec |
| 1980. – 2011. | Ivan Rakarić | 2011. – 2011. | Damir Kovačić | 2011. – 2023. | Tomislav Dodlek |